GODZILLA: L'Origine de l'Invasion est un manga qui raconte une version alternative de l'univers Godzilla. Dans ce manga, Godzilla est dépeint comme un monstre colossal qui menace l'humanité. L'histoire se concentre sur l'invasion de la Terre par Godzilla et d'autres créatures monstrueuses, et comment l'humanité tente de faire face à cette menace existentielle.
L'intrigue suit l'humanité alors qu'elle lutte pour survivre et repousser les attaques des monstres, cherchant des moyens de les arrêter et de sauver la planète. Les personnages principaux du manga sont souvent des militaires, des scientifiques et des civils qui unissent leurs forces pour élaborer des stratégies de défense et trouver des moyens de vaincre ces créatures titanesques.